1600′lü yılların sonuna doğru ise, bilim tarihi bir başka yanılgıya sahne oldu. Ateş ve saçtığı alevler her devirde insanların ilgisini çekmişti. O döneme kadar henüz sırrı keşfedilememiş ateşin kaynağı üzerinde düşünen insanlardan biri de Alman bilim adamı G. E. Stahl’dı. Stahl araştırmaları sonucunda, ateşe "flojiston” adı verilen gözle görülemeyen bir maddenin yol açtığını ileri sürdü. Stahl’a göre flojiston nesnelere girip çıkabilen bir maddeydi. Flojistona sahip bir nesne hızla yanarken, flojistonun olmadığı nesneler ise yanmıyordu. 

Yanan maddelerden duman çıkması, bu maddelerin yanarken küçülmeleri ve hafiflemeleri, flojistonun bu maddeleri terk etmesi olarak yorumlandı. Araştırmalarda, yanan maddelerin üzerlerinin kapatılmasıyla veya toz ve toprak atılıp söndürülmeleriyle flojistonun çıkışının engellendiği ve böylece ateşin söndüğü düşünülüyordu. Ancak zamanla, metallerin yanarken küçülmemeleri veya hafiflememeleri flojistonun gerçekliği hakkında bazı kuşkuların doğmasına neden oldu. 1700′lü yılların sonunda ise havanın farklı birkaç gazın karışımı olduğu keşfedildi. Bu farklı gazların farklı biçimlerde yanmaları da flojiston kuramıyla açıklanmaya çalışılırken, oksijen gazıyla ilgili yapılan araştırmaların biri kuramın sonunu getirdi. Antoine Lavoisier adlı bilim adamı oksijen gazı içinde yaktığı bir metali gözlemledi. Bu gözlemi sonucunda yanan metalin ağırlığının arttığını, oksijen miktarının da azaldığını fark etti. İşte bu deney insanlara ateşin kaynağını da gösterdi. Nesneler oksijen aldıkları için yanıyorlardı. Flojiston isimli teorik madde ise asla var olmamıştı.

Tarihteki bilimsel yanılgılara bir diğer örnek ise, elektriğin kaynağı üzerine yapılmış bir yorumdur. Doktor Luigi Galvani 1780′li yıllarda hayvanlarla ilgili araştırma yaparken, birdenbire yeni bir elektrik kaynağı bulduğunu sandı. Kurbağalar üzerinde yaptığı araştırmalarda, metal bir parçaya bağlanan kurbağa bacağındaki kasların kıpırdadığını gördü. Galvani bu canlı üzerinde yaptığı birkaç araştırma sonucunda kararını verdi: Bir metal hayvanların kaslarından ve sinirlerinden kaynaklanan elektriğin dışarı çıkmasını sağlıyordu. Galvani deneyi tek bacak üzerinde tek metal parçasıyla yapmıştı. Bu deneyin mantığından şüphelenen Alessandro Volta isimli bilim adamı konuyla ilgili çalışmalara başladı. Volta kurbağanın bacağına bir telin farklı iki ucunu bağladı ve bacaklardaki kasların seyirmediğini gördü. Bu deneyden sonra çalışmalarına devam eden Volta, kurbağadan veya başka bir hayvandan kaynaklanan elektrik iddiasının gerçek olmadığını ortaya koydu. Elektrik, elektronlardan kaynaklanan bir akımdı ve metaller elektronu daha kolay iletiyordu. Hayvansal elektrik kuramı bir dönem insanlarını şaşırtmış bir yanılgıydı.

Bu örneklerde de açıkça görüldüğü gibi, günümüzde çok iyi bilinen gerçekler hakkında geçmişte çok yanlış bazı iddialarda bulunuldu. Birçok bilim adamı gerek dönemlerinin geri kalmış bilimsel düzeyleri, gerekse sahip oldukları bazı önyargıları dolayısıyla birçok bilimsel yanılgıya kapıldı. Tarihte gerçekleşmiş bu gibi bilimsel yanılgılara verilecek en büyük örnek, yaşamın kökeni üzerine ortaya atılmış iddialardan biriydi. Çünkü bu iddianın etkileri ve mantıksızlığı yukarıda örneğini verdiğimiz yanılgılardan çok daha büyük oldu. Bu yanılgı, evrim inancıyla materyalist dünya görüşünün birleştiği ‘Darwinizm’di.

Bir zamanlar Darwinizm, elde yeterince bilimsel kanıt olmadığı için bazılarınca bilimsel bir teori gibi kabul ediliyordu. Charles Darwin’in 1859 yılında yayınlanan Türlerin Kökeni adlı kitabı o dönemde bile anlaşılan tutarsızlıklarına rağmen, bazı çevrelerde yankı uyandırdı. Darwin’in genetik veya biyokimya biliminden habersiz olarak yaptığı varsayımlar, fosil kayıtlarının yetersizliğinden yararlanarak ileri sürdüğü hatalı iddialar, bu teoriyi kabul etmeye felsefi nedenlerle çok yatkın olan kişiler tarafından hararetle kabul gördü. Bu felsefi neden, Darwin’in teorisi ile materyalist felsefe arasındaki ilişkiydi. Darwin, tüm canlıların kökenini maddesel faktörlerle ve rastlantılarla açıklamaya çalışan, dolayısıyla bir Yaratıcı’nın varlığını reddeden bir teori öne sürmüştü. Akla ve mantığa tamamen aykırı olan bu teorinin yanlışlığının bilimsel olarak ortaya çıkması içinse, 20. yüzyıldaki bir dizi bulgu gerekecekti.

Bugün Darwinizm hala bazı saplantılı bilim çevrelerinde yaygın bir kabul görmektedir; ama bu, Darwinizm devrinin sona erdiğini kabul etmemize engel değildir. Çünkü teoriyi ayakta tutan sözde bilimsel varsayımlar birer birer çökmüştür. Teoriyi hala ayakta tutan tek neden, onun temeli olan materyalist felsefenin hala bir kısım bilim çevrelerinde fanatik bir tutkuyla savunulmasıdır. Darwinizm dünyası, 1980′li yılların ikinci yarısındaki Sovyetler Birliği’ne benzemektedir. O dönemlerde komünizmin bir ideoloji olarak iflas ettiği, varsayımlarının geçersiz olduğu ortaya çıkmıştı. Ancak komünist sistemin kurumları hala varlığını koruyordu. Komünist ideolojiyle beyni yıkanmış bir kuşak hala körü körüne bu ideolojiyi savunuyordu. Bu dogmatizm nedeniyle, pratikte çökmüş olan komünist sistem bir süre daha yaşatıldı. "Glasnost” ve "Perestroyka” denen formüllerle reforme edilip yaşatılmak istendi